El municipio mantiene comunicación con el INAH para garantizar la conservación del patrimonio histórico durante la construcción del tren, sin afectar sitios emblemáticos.
La autoridad municipal de Querétaro refuerza su vigilancia para evitar daños en los monumentos históricos durante las obras del Tren México-Querétaro. Actualmente, las autoridades mantienen comunicación con el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) para coordinar acciones que garanticen la protección del patrimonio en el área en que se desarrollan los trabajos. La cercanía de la antigua estación del ferrocarril en la colonia La Era, donde se planea ubicar la nueva terminal, hace necesaria esta supervisión constante. Es importante destacar que, hasta ahora, los trabajos realizados en el municipio no requieren permisos adicionales, pero todos los procedimientos federales relacionados están en curso. La iniciativa busca equilibrar el desarrollo de infraestructura con la preservación de los símbolos históricos que representan la identidad de la región.