La Secretaría de Medio Ambiente de Querétaro aún no define la ubicación oficial de la nueva parada, que podría afectar zonas verdes del parque.
La Secretaría de Medio Ambiente del municipio de Querétaro informó que hasta el momento no existe una confirmación oficial sobre la ubicación de una futura estación rápida del Tren México-Querétaro en la zona del Parque Alcanfores. Aunque se ha mencionado que la parada podría estar fuera de los límites del parque, las autoridades siguen en proceso de definición del proyecto. La posible afectación a áreas verdes, flora y fauna del parque será monitoreada rigurosamente, y se espera que la federación asuma las compensaciones correspondientes en caso de impactos ambientales. Por otro lado, en relación con el retiro de árboles en la zona de Hércules para trabajos relacionados con el tren, las autoridades municipales señalaron que esas acciones estuvieron en una circunscripción federal, por lo que se solicitaron explicaciones a la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat). La comunidad y grupos ambientalistas permanecen atentos a los avances del proyecto y a su posible impacto ecológico.