El gobierno de Querétaro aún define el monto destinado a la universidad, enfrentando recortes y compromisos no cumplidos en los últimos años.
La administración estatal de Querétaro continúa en la gestión del presupuesto destinado a la Universidad Autónoma de Querétaro, aunque la cifra definitiva aún no ha sido establecida. Durante los últimos tres años, las autoridades han realizado esfuerzos para incrementar el financiamiento, logrando un incremento del 13 por ciento en este periodo, pese a que en los años previos la aportación federal había disminuido en términos reales durante casi una década. La institución educativa contempla una reducción aproximada de 30 millones de pesos en el presupuesto para 2026, situación que genera preocupación respecto a los recursos disponibles para su operación y desarrollo. La autoridad universitaria ha señalado que en los últimos años no se ha recibido la cantidad esperada, situación que impacta en la planificación y proyectos de expansión de la máxima casa de estudios en la región. La evaluación de las finanzas públicas continúa, con la intención de garantizar que la universidad reciba los recursos necesarios para cumplir con sus funciones académicas y de investigación en un contexto económico desafiante.