El sistema interurbano opera actualmente con horario restringido y estaciones en funcionamiento, mientras concluyen obras hacia la terminal Observatorio.
Desde el 21 de abril de 2025, el Tren Interurbano México-Toluca ha implementado un horario de servicio ajustado, operando de 06:00 a 21:15 horas en las estaciones abiertas del Estado de México y Santa Fe. Este cambio busca facilitar tareas técnicas y verificaciones en el tramo en construcción, con la intención de mantener una operación continua durante la noche. La última salida desde Zinacantepec y Santa Fe es a las 21:15 horas. La perspectiva de completar la ruta definitiva hasta la terminal Observatorio se espera para finales de enero de 2026, tras un período de pruebas en infraestructura electromecánica y señalización. La estación de Observatorio, que será una de las más importantes del sistema, integrará diversos modos de transporte en un espacio de 15,000 metros cuadrados y cinco niveles, facilitando conexiones con tren, metro y transporte público. Las obras complementarias, incluyendo un deprimido vehicular, continuarán hasta junio de ese año para garantizar su operatividad plena y una experiencia integral para los usuarios. La culminación de esta infraestructura marcará un avance significativo en la movilidad de la región y promoverá el uso del transporte sustentable.