La autoridad ambiental reconoce afectaciones en cavernas y cenotes en el tramo 5, mientras colectivos ambientalistas advierten sobre la destrucción de más de 120 cuerpos de agua.
La Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat) ha admitido que el proyecto del Tren Maya ha tenido impacto en al menos ocho cavernas y cenotes ubicados en el tramo cinco, que conecta Cancún con Tulum. Personal especializado trabaja actualmente en la limpieza y remoción de materiales de concreto dentro de estas cavidades, para mitigar el daño ocasionado durante la construcción. Sin embargo, el colectivo ambientalista Sélvame del Tren ha señalado que la destrucción ambiental en esta zona va mucho más allá del número oficial, con registros que superan los 120 cenotes afectados o destruidos en el mismo tramo. Estos cuerpos de agua forman parte de un sistema hidrogeológico fundamental en la península de Yucatán, cuya alteración puede tener repercusiones ecológicas y sociales de largo plazo. Además, expertos advierten que en el proceso de edificación se perforaron miles de veces los acuíferos mediante pilotes y se vertieron grandes volúmenes de cemento en un ecosistema frágil, lo que podría haber sido evitado con una planificación más cuidadosa. La protección de estos recursos naturales es esencial para garantizar la conservación de una biodiversidad única y la disponibilidad de agua para las comunidades locales.