La autoridad mantiene resguardados estudios técnicos sobre daños en ecosistemas y acuíferos, pese a reconocimientos oficiales de afectaciones en la obra.
Desde 2023, la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat) ha clasificado bajo la figura de seguridad nacional información esencial sobre los impactos ecológicos del Tren Maya, principalmente en el Tramo 5, que conecta Playa del Carmen con Tulum en Quintana Roo. Esta medida impide el acceso a estudios, auditorías y análisis ambientales que podrían ofrecer una evaluación clara del daño real causado por la megaobra en el ecosistema de la Península de Yucatán, en un contexto donde la propia titular de la Secretaría, Alicia Bárcena, ha admitido públicamente que la construcción afectó cavernas y cenotes.
En 2023, la dependencia argumentó que la protección de la infraestructura estratégica justifica el resguardo de los datos, fundamentándose en una resolución interna vinculada a un decreto federal que declaró al Tren Maya como proyecto de seguridad nacional, válido hasta 2028. Sin embargo, la Dirección General de Impacto y Riesgo Ambiental (DGIRA) de Semarnat reconoció públicamente que no dispone de estudios propios, monitoreos de calidad del agua ni auditorías específicas sobre los impactos en acuíferos ni formaciones subterráneas dentro de la zona.
El caso evidencia una tensión entre la transparencia ambiental y las medidas de seguridad institucional que limitan la disponibilidad de información crítica para comprender el alcance real de los daños. La relevancia de este proceso radica en la necesidad de mantener un equilibrio entre el desarrollo de infraestructura y la protección sostenida del entorno natural, especialmente en una región tan vulnerable y de importancia ecológica como la Península de Yucatán.
Este escenario refleja una problemática en la gestión ambiental de proyectos de gran escala en México, donde decisiones políticas a menudo priorizan la seguridad institucional por sobre la rendición de cuentas y la protección ecológica, poniendo en entredicho el compromiso con la sustentabilidad.