Se destacan quejas contra el Sistema Penitenciario y la Fiscalía en el estado.
Baja California culminó el 2025 con más de mil 300 quejas ante la Comisión Estatal de Derechos Humanos (CEDHBC), según su presidente, Jorge Álvaro Ochoa Orduño. La mayoría de los reclamos se relacionaron con el Sistema Penitenciario y asuntos de salud. Aproximadamente 800 expedientes se resolvieron favorablemente para los ciudadanos.
Desde septiembre de 2023, la CEDHBC ha emitido un total de 24 recomendaciones. En cuanto a la educación, se han recibido dos quejas relacionadas con restricciones sobre cortes de cabello en las escuelas. Además, se investiga el caso del periodista Margarito Martínez, con apoyo del gremio periodístico para que se esclarezcan los hechos.